多年来,台湾“护照”因为所谓加注问题多次引发争议。2002年,陈水扁时期的“外交部长”田弘茂提议在“护照”上加注“issued by Taiwan”(台湾发行)字样,结果争议极大,各方都不满意。有人批评陈水扁当局变相推动“台独”,还有人认为有矮化台湾成“地方政府”之嫌。2003年9月,新版“护照”封面进行了改动,在“中华民国”下加注“台湾”字样。2012年12月,民进党印制1万份与正版“护照”尺寸一样的“Taiwan is my country”(“台湾是我的国家”)贴纸发送民众,贴在“护照”封面。贴纸清楚标着台湾与菲律宾、越南和中国大陆等周边地区的相对位置,宣传台湾与大陆是“一边一国”。